黄健 致娇妻：人间何处春最美

万里寻她三十年，归来方知在我家。楼下又是花如雪，鬓上相看雪如花。

黄健 GitHub双重身份验证（two-factor authentication, 2FA）解决方案

双十二的时候，收到GitHub官方的通知邮件，要求我启用双重身份验证（two-factor authentication, 2FA）用户。邮件主要内容如下：We're reaching out to let you know that, as announced last year, we have officially begun requiring users who contribute code on GitHub.com to have two-factor authentication (2FA) enabled. Your account meets this criteria, and you will need to enroll in 2FA within 45 days, by January 25th, 2024 at 00:00 (UTC). After this date, your access to GitHub.com will be limited until you enroll in 2FA. Enrolling is easy, and we support several options, starting with TOTP apps and text messages (SMS) and then adding on passkeys and the GitHub Mobile app. 后来又收到4封提醒邮件，提示说启用2FA很简单，四种方式任意选：Security key、GitHub Mobile、Authenticator application (TOTP)、Text messages (SMS)。于是首先尝试短信方式，结果国家与地区的下拉单里，没有中国大陆、中国香港，有台湾。心中很不爽，厌恶感猛生。其他方式，有的居然要求录入指纹。国内银行app与几个主流的支付软件我还是放心的；对于没有中国大陆、中国香港却偏偏有台湾的境外网站与app，我实在是不放心让他录我指纹的。我的华为P30的应用商店，既没有GitHub Mobile也没有GitHub推荐的1password 、Authy、Microsoft Authenticator等TOTP应用程序。最后硬生生地下载了安装了百度手机助手app，再通过百度手机助手成功安装了微软的Authenticator手机程序。万事俱备，只待2FA。没想到时间已过1月25日，怎么也访问不了我的GitHub帐号了。世界分裂，哪有什么地球村。于是想到一个最简单的解决方案，启用Gitee。

黄健 噬菌体展示技术诞生的启示：循序渐进，水到渠成

噬菌体展示(Phage Display)技术之父乔治·史密斯(George P Smith)教授第一次接触噬菌体是在哈弗福德学院（Haverford College）读大学期间。他想挑战抗体产生的模板学说，证明抗体的抗原特异性决定于编码抗体的mRNA。于是他用噬菌体T4免疫兔子，然后从兔子脾脏提取RNA，加入无细胞蛋白合成系统，确定所生成的蛋白（包括抗体）能否中和T4噬菌体。1964年，史密斯到哈佛医学院攻读博士学位，从事抗体测序设备研发与抗体V区基因进化的理论研究。1970年，他获得哈佛医学院博士学位，并到威斯康星大学做博士后，合作导师是奥利弗·史密斯教授（因基因敲除小鼠研究的重要贡献获得2007诺贝尔奖生理学或医学奖）。1975年，乔治·史密斯到密苏里大学工作，刚开始的研究仍然主要围绕抗体V区基因展开。后来，在参加同事用秀丽线虫作为模式生物的一个发育生物学项目期间，他对噬菌体旧情复燃。只不过，这一次是丝状噬菌体（filamentous phage）。顾名思义，丝状噬菌体外形很像一根长长的棒子、纤维或细丝。如图1所示，它的长度从800纳米到4微米不等，而直径只有大概6纳米左右[1,2]。我们关于丝状噬菌体的主要知识源自f1[3]、fd[4]、M13[5]等感染大肠杆菌的噬菌体。这三种噬菌体都是1960年代从污水中分离出来的，它们的基因组都是单链环状DNA。由于它们基因组的碱基序列98%都是相同的，都只能溶原性感染有性菌毛的大肠杆菌，因此它们一般也被统称为Ff噬菌体[1]。

黄健 立冬

西园草盛菜苗稀，五柳先生不我欺。 有锄不锄随它去，且就野菊开东篱。

黄健 黄岛日出

半江瑟瑟半江红？曾是残阳铺水中。 江海难辨何须辨，落日朝阳西又东！

黄健 Ubuntu上三种合并PDF文件命令的测评

昨天备课，发现有本电子书太繁琐，明明一本书，但却是一个文件夹，里面目录、前沿、各章节、附录、索引等都是独立的PDF文件，共有近20个文件。不胜其烦，于是想将其合并成一个PDF文件。在网上搜了一下，pdftk、poppler（pdfunite）、ghostscript（gs）、ImageMagick（convert）等很多软件包中都有相应的命令可完成。 which pdftk pdfunite gs convert /usr/bin/pdfunite /usr/bin/gs /usr/local/bin/convert 如上，用which命令看了一下，发现我的Ubuntu系统中已经安装了poppler、ghostscript和ImageMagick，但没有pdftk。已经绰绰有余，就不再安装pdftk了。先用convert 1.pdf 2.pdf 3.pdf x.pdf命令来生成，速度很慢，生成的文件大于40M，打开后却根本看不清楚。估计是把每一页都转化成图像了再合并的。非常不满意，于是在使用pdfunite 1.pdf 2.pdf 3.pdf y.pdf命令来生成，速度极快，生成的文件3.6M,打开后非常清晰，页面内容可复制。最后用gs -dNOPAUSE -sDEVICE=pdfwrite -sOUTPUTFILE=z.pdf -dBATCH 1.pdf 2.pdf 3.pdf命令来生成。速度也极快，生成的文件3.0M，打开后同样清晰且页面内容可复制。看来还是ghostscript最好用呀。

黄健 PGPLOT窗口美化

对目前默认的PGPLOT窗口不太满意，耿耿于怀。最近看了这样一个网页，有一些相关介绍。于是参考着在自己的主目录内新建了一个.Xresources文件，内容如下：# Created by Jian Huang to customize PGPLOT windows # To hide the PGPLOT server window set pgxwin.server.visible: False # To provide a way to destroy a window using the mouse pgxwin.Win.acceptQuit: True # To display cursor as cross hairs pgxwin.Win.crosshair: True # Let's see pgxwin.Win.visual: TrueColor pgxwin.Win.iconize: True

黄健 AlphaMissense不完全测评报告

这两天我的微信群与朋友圈颇有被Google DeepMind团队刚刚在 Science杂志上发表的AlphaMissense [1]刷屏的趋势，说能精准预测蛋白质错义突变的表型。根据介绍，这个 AlphaMissense既对AlphaFold进行了微调，考虑了蛋白质结构的影响，又整合了一种受 ChatGPT 等大型语言模型启发的神经网络，有蛋白质语言模型的加持。AlphaFold、ChatGPT 、深度学习、语言模型、结构大模型、语言大模型、大模型…… ，再加上Google DeepMind团队的光环，妥妥的CNS嘛，果然也“科学”了。正好这段时间正和在相应学科领域排名全国第一的临床医院科室的专家团队一起研究一个蛋白质的错义突变。他们已在临床上发现了两个家系几位病人，同样的错义突变，同样的致病表型，但致病机制却还不清楚。要是能让这个在 Science杂志上新鲜出炉的AlphaMissense为我们正在研究的错义突变背书，岂不美哉。于是立即布置博士生用AlphaMissense来“预测”一下。

黄健 在Ubuntu23.04系统里自动升级Chrome

最近一段时间Chrome抱怨无法升级到最新版本，让我手动安装最新版本。印象中，以前都是自动升级的呀。想起两个月前，整个操作系统从22.10升级到了23.04，应该是这造成的吧。于是依次点设置-关于-软件更新，查看软件更新的选项与设置情况。在其它软件标签下看到有Google官网Chrome的deb包的源的网址，但对应翻译的文字很是奇怪，已禁止升级到lunar stable，似乎我在复选框里选择后就会禁止升级似的。实际上，默认没选就不能自动升级。文字还有恐吓意味，难道Chrome新版本与23.04不匹配？或许都是翻译与阅读理解问题。选中如下：

黄健 比较giza-dev与pgplot5

虽然解决了PDL::Graphics::PGPLOT不能完全正常工作的问题，但对giza还是有点留恋的。因为giza只显示画图的窗口，且窗体默认背景是我比较喜欢的白色，而且其中产生的图与图中标记的文字也更漂亮。当然，我不大喜欢giza窗口默认的标题giza，也很无奈放大窗口图就消失。此外，giza窗口无法通过点击窗口的x钮关闭，但通过运行代码中的close函数可以关闭。相较而言，pgplot5的默认窗口更小，窗体默认背景是黑色的，其中产生的图与图中标记的文字没有giza漂亮，窗口默认标题为PGPLOT Window 1。窗口按钮有效，最大化图文仍在，通过窗口的x钮可关闭。但是，代码中的close函数似乎无效了，而且运行时每次都会有两个窗口，一个最小的在后面的PGPLOT Server窗口。读了一下pgxwin_server -help内容，然后尝试通过.bashrc中设置别名，让pgxwin_server等同于pgxwin_server -server_visible False或pgxwin_server -server_visible False &。这在bash shell中还是有些效果的，但在pdl中运行demo pgplot时毫无效果，一样跳出两个窗口。在.bashrc中加入export PGPLOT_FOREGROUND="black"和export PGPLOT_BACKGROUND="white"各一行，白纸黑字的效果是有了，但感觉看上去就是没有giza漂亮。可惜，giza缺不少关键函数，所以还是继续用pgplot5吧。