我们生物信息中心几位主讲《生物信息学》的老师在学校教学项目的资助下合作编写的一本小书《简明生物信息学》，最近已由电子科技大学出版社正式出版。其中，我结合自己的研究领域写了第七章《免疫信息学》，全章内容已在前些日子的博客中完整呈现。免疫信息学是生物信息学应用于免疫学的一个非主流领域。因此，我这一章对于生物信息学本科教程而言事实上也是可有可无的。正因为如此，在写作中我也就没有什么约束，融入了很多个人风格与感情色彩的东西。这里，我要真诚地感谢各位可敬的同事对我的包容与支持！我的章节让整本小书不那么简明了，但希望它能给这本小书一点特色。
《简明生物信息学》目录
第一章 绪论
第一节 基本概念
第二节 生物信息学的发展
第三节 研究任务
第四节 章节安排
第二章 序列比对与分子进化
第一节 相似性得分系统
一、基本概念
二、序列的相似性
三、序列比对得分矩阵
第二节 序列比对方法
一、点阵法
二、动态规划法
三、序列比对工具
第三节 数据库搜索
一、FASTA
二、BLAST
第四节 分子系统发生分析
一、分子钟学说与中性进化理论
二、进化距离
三、系统发生树构建方法
第五节 系统发生树构建软件使用
一、PHYLIP使用
二、MEGA使用
第三章 密码子与DNA序列信息
第一节 遗传密码的稳定性
一、四碱基的DNA序列
二、遗传密码的简并规则
三、氨基酸的不可替代性
第二节 DNA的短程关联和长程关联
一、DNA序列的短程关联
二、DNA序列的谱分析与长程关联
三、DNA序列阅读框架的非均匀性
第三节 DNA的数学表示
一、DNA序列的混沌图示法
二、DNA序列的算术描述
第四章 基因组信息学
第一节 基因预测
一、真核基因预测
二、原核基因预测
三、病毒基因预测
四、元基因组的基因预测
五、微生物基因组的重新注释
第二节 基因组的组成及结构的分析及预测
一、真核生物基因组的GC等值区及CpG岛
二、细菌的基因组岛及复制起始位点的预测
三、密码子使用策略分析
第三节 人类疾病相关基因的识别
一、人类疾病相关基因的识别
二、致病菌毒力基因与耐药基因的识别
三、人类重要疾病数据库
第四节 非编码RNA的预测
第五节 利用GO注释基因功能
第五章 蛋白质信息学
第一节 蛋白质数据库
一、Uniprot蛋白质序列数据库
二、PDB蛋白质结构数据库
第二节 蛋白质结构预测
一、蛋白质结构
二、蛋白质二级结构预测
三、蛋白质三级结构预测
四、蛋白质结构相关预测
第三节 蛋白质功能预测
一、蛋白质亚细胞定位预测
二、酶类型预测
三、蛋白质翻译后修饰
四、其他蛋白质功能预测问题
第六章 基因芯片数据分析
第一节 基因芯片平台简介
一、基因芯片分类
二、常见的基因芯片
第二节 数据的预处理
一、数据的提取
二、数据的过滤
三、缺失数据的处理
四、数据的对数转换
五、数据的标准化
第三节 差异表达基因分析
一、倍数法
二、t检验法
三、SAM法
四、其他方法
第四节 基因芯片数据的聚类分析
一、聚类分析中距离（或相似性）的尺度函数
二、聚类分析中的聚类算法
第五节 基因芯片数据的分类分析
一、k近邻分类法
二、决策树
三、支持向量机
四、Fisher线性判别分析
五、分类性能评价
第六节 基因芯片数据库及常用分析软件
一、基因表达数据库（Gene Expression Omnibus, GEO）
二、ArrayTools
三、SAM
四、Cluster和TreeView
五、R语言和BioConductor
第七章 免疫信息学
第一节 免疫信息学源流
第二节 免疫信息学资源
一、免疫学数据库
二、单机软件与网络程序
第三节 免疫信息学的应用
一、表位预测
二、噬菌体展示
三、在抗体研究中的应用
四、在疫苗研究中的应用
五、在移植免疫中的应用
六、在变态反应防治中的应用
