今年的选修课程《Perl生物信息学编程》已结课两个星期了。最后一次课,照例是翻转课堂,让同学们进行课程相关的文献分享。打酱油的同学当然有,但还是听得出来,也看得出来,很多同学的分享是很认真的,是花了功夫去查阅与准备的。例如,刘同学分享的Circos,开圆图风气之先,最初用于比较基因组数据的可视化,但现在的应用早已超越基因组数据范畴。该程序最先是用Perl写的,后来又有了各种语言实现的版本。如下图所示,最初版本的软件在Genome Research上发表迄今,引用已近9000次。当然,这个软件是今年我点明指定让该同学予以介绍分享的。
除此之外,几位同学的自由分享,也给我留下了深刻印象。其一是李同学介绍的用Perl编写的基因变异注释软件ANNOVAR,如下图所示,相应论文在Nucleic Acids Research上发表后迄今引用已超过11000次。
其二是张同学分享的原核基因组注释软件Prokka,如下图所示,相应论文在Bioinformatics上发表后迄今引用也已超过11000次。
其三是朱同学介绍的EMBL-EBI的旗舰项目之一Ensembl Project。从GitHub源代码来看,这个项目主要是通过Perl编程实现的。此外,彭同学分享的Perl编写的脑电分析系统也颇为有趣。
最后简单总结一下:一、或许我也还能像诸如Perl这样的老编程语言一样,继续发挥一下余热;二、希望我有生之年也能亲自写出能被引用上万次的程序。