《Perl 生物信息学编程》致谢
黄健  |  2016-02-19  |  科学网  |  504次阅读

【黄子按曰】:去年春季学期,我曾在博客上贴了《Perl生物信息学编程》前言。转眼,又一年过去了。这几年来,一直在想怎么能结合课程内容,给习惯用Windows的纯生物医学背景的同学,形成一本浅显易懂、风趣幽默的Perl生物信息学编程的入门教材。去年圣诞,毛毛虫变蝴蝶,Perl 6都正式发布了;可是因为这样或那样的原因(例如写博客去了),我想完成的入门小书拖到现在仍有近半未能如期完成。新学期开始了,许两个愿:(1)努力工作,尽快完工;(2)研究生科、研究生院别催了,这里我就先把两年前写的致谢贴在这里,可否再宽限俺几月(^_^)......

致  谢

十一年前,我离开一家即将被风投抛弃的生物信息科技有限公司,来到电子科技大学生命科学与技术学院工作。彼时彼刻,我惊奇、庆幸、感佩电子科大居然也有生命学科。去年秋天,学校成立医学院,作为一位曾在医学院学习长达十一年的过来人,我为学校新的学科拓展而欢欣鼓舞。与传统院校相比,电子科大的生物医学相关专业应该有什么样的特色?这是一个我经常被问及也因此经常思考的问题。去年十月,美国《科学》杂志上《Biology’s Dry Future》一文无疑有助于回答上述问题。生物医学已进入大数据的信息时代,无论是相应的科学研究还是人才培养,电子科大责无旁贷。去年春季,我为生物医学相关专业同学开设了《Perl生物信息学编程》这门选修课程,旨在让没有任何编程经验的同学通过本课程学习,具备编写Perl脚本程序来处理挖掘生物医学数据的能力。遗憾的是,第一次课高朋满座,第二次课门可罗雀;凸显引领纯实验研究的同学使用Perl的难度。由于最终的选课人数只有9人,没有达到研究院10人的开课标准,2013年春季学期的《Perl生物信息学编程》就这样流产了。

尽管如此,已进行的两次课堂教学及放在教学网站上的材料在校内外引起了一定的反响。例如:我校研究生冯同学来邮件说:“对比了几本关于Perl的书籍,结果发现还是比较钟情于您写的那个风趣而且简单易懂、令我印象深刻的教程”;中山大学的罗同学在邮件中写道,“我在网上看到您的《Perl生物信息学编程》,觉得写得特别好。我想下载教程自学。可是,您在网上只贴出前两章的教程。可以发我一份剩下的教程吗?”。在这些邮件的鼓励下,我与生物信息学中心郭锋彪、王先龙等老师共同申请了本课程的教材建设项目,并在去年年底获得了学校研究生院教研教改项目的资助。我们还与电子科技大学出版社签订了出版合同。本课程所有电子材料将放在自建的教学网站上供免费下载;希望纯实验研究的同学能入门,生物信息学方向的同学有启发与收获。这里,我谨向去年发来邮件的校内外同学、选课的同学、翘课的同学及今后的各位同学,向生物信息学中心的广大师生,向我校研究生院、出版社致以最诚挚的谢意!

电子科技大学生物信息学中心
黄健于2014.2.14




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