《生物信息学》教学交流问与答
黄健  |  2015-06-13  |  科学网  |  453次阅读

晚上收到学生短消息如下:黄老师您好,我是生命学院的学生,有个疑问想请教您,就是关于开设生物信息学的课程的意义在哪里?我的一个理解是生物信息学要做数据,做数据挖掘之类的,肯定是要用到编程和数学方面的知识,但是呢感觉上您的课有种走马观花的感觉,到头来基本是什么都没有学到(我感觉学院里多数学生都是这种状况),如果说只是想让我们了解为什么不把这门课开成选修课或者科普类的课程?如果想让我们深入的话,为什么不开设数据挖掘类似的课程呢?而且目前感觉很多老师是靠点名留住学生,那为什么老师没有去想想自己讲的课程有什么问题或者向同学们做个反馈也是好的啊?老师我的见解比较肤浅,但是这也是我的一个困惑,希望能得到老师的回答?

这里,我回答一下。生物医学进入了信息时代,开设这门课程就是想让同学们了解信息技术可以处理哪些最常见的生物学数据,了解这些最常见的生物学数据来源与处理方法。我们的生物信息学只能算是“生物信息学概论或导论”,一共才32学时,上机12学时,理论课只有24学时,所以也只能走马观花,了解大概。要知道,哈医大生物信息学专业本科生要学五年。所以,真正要具体深入的话,需要进一步深入研究生物学问题,研究生物学数据,利用统计、数据挖掘、编程等手段与办法来分析生物学数据,解决生物学问题,或建立理论预测模型,减少实验工作量。如果没有这门课,同学们可能还不大会查询专业文献,不大会使用专业文献管理软件(今年本科毕业设计仍然有同学没有使用文献管理软件,最终修改论文成了难题,参考文献的格式问题也很多),甚至不知道NCBI、UniProt、PDB,不懂序列比对,不会序列神器BLAST及其本地化应用,不懂三维结构,不会结构神器PyMol,也不知道如何评价算命方法与软件的性能......所以,你觉得“到头来基本是什么都没有学到”,原因之一是我的功夫没下够,原因之二是你的功夫没下够,因为在我看来大学学习主要靠自己、靠自觉。但是,鉴于“学院里多数学生都是这种状况”,我想主要的原因应该在我。因为我相信即便到了现在,多数学生仍然是“学而时习之,不亦乐乎”的;因为社会教导我们“没有教不好的学生,只有不会教的老师”;因为我相信上周三王勇千人教导我们的话:学生是上帝。所以,我一定反思自己讲的课程有什么问题,并在马上来临的期末向每位同学做一个调查,听取意见与反馈,以便今后改进。

关于我为什么沦落到靠点名留住学生,至少有两个原因。第一,是我循循善诱的功力不够。别说理论课,就是上机课,我发现即使来上机的同学,也有不少在网上看新闻、聊天或者打游戏的。我以为太简单,他们已经会了,结果却发现他们并不会。我时常想,同学们课堂上机尚且如此,还能指望课后自己自觉上机吗?第二,是我也想顺便做做抽样调查,收集数据,做一个数据集,用生物信息学的方法研究一下点名的数据。从目前数据分析的结果看,不少同学从我第一次上课就翘课,在之后的每次抽样中都缺席。这一方面说明同学们翘课不是随机的;另一方面也说明,不少同学翘课不是因为我讲的课程有什么问题,因为他们从未出现过。我为什么有时候点名,有时候不点名呢?因为学校好像有文件说,缺席次数过多可以直接取消考试资格。而我相信,学生自学也可以学得很好。所以没有次次点名,次次遍历,以便让所有学生包括从未出现过的幽灵同学能有参加考试的机会。当然,因为点名,来上课的同学也会有更好的平时成绩,否则这个世界就真是太不公平了。至于《生物统计学》、《数据挖掘》等相关课程,学院都有开设。前者王先龙、丁辉、林昊等老师主讲,后者郭锋彪、张会雄老师先后主讲过。关于生物医学工程专业的《生物信息学》课程性质,很遗憾,目前还是必修;但我会把你的意见反馈给生物医学工程系的两位主任,供他们在培养方案修订时参考,希望以后能改成选修。当然,除了我的转达之外,你也可以在师生交流会或通过其它渠道直接反馈意见。

总之两句话。第一,能这样来交流的学生真是好学生啊;第二,我一定认真反思,尽我所能进行改进,以便今后让你的学弟学妹们能有更多收获与更好的课程体验。


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